MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 20343

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472061
2	NC_020967	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478472061
3	NC_020967	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472061
4	NC_020967	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
5	NC_020967	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
6	NC_020967	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478472061
7	NC_020967	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472061
8	NC_020967	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
9	NC_020967	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472061
10	NC_020967	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
11	NC_020967	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478472061
12	NC_020967	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478472061
13	NC_020967	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478472061
14	NC_020967	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472061
15	NC_020967	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472061
16	NC_020967	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
17	NC_020967	TC	3	6	825	830	0 %	50 %	0 %	50 %	478472061
18	NC_020967	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472061
19	NC_020967	AG	3	6	847	852	50 %	0 %	50 %	0 %	478472061
20	NC_020967	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
21	NC_020967	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
22	NC_020967	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
23	NC_020967	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472061
24	NC_020967	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478472061
25	NC_020967	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472061
26	NC_020967	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472061
27	NC_020967	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
28	NC_020967	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
29	NC_020967	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478472061
30	NC_020967	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
31	NC_020967	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478472061
32	NC_020967	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472061
33	NC_020967	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472061
34	NC_020967	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
35	NC_020967	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
36	NC_020967	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472062
37	NC_020967	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472062
38	NC_020967	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472062
39	NC_020967	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472062
40	NC_020967	T	6	6	1984	1989	0 %	100 %	0 %	0 %	478472062
41	NC_020967	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472062
42	NC_020967	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472062
43	NC_020967	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472062
44	NC_020967	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472062
45	NC_020967	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478472062
46	NC_020967	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472062
47	NC_020967	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472062
48	NC_020967	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
49	NC_020967	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472063
50	NC_020967	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472063
51	NC_020967	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478472063
52	NC_020967	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478472063
53	NC_020967	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472063
54	NC_020967	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
55	NC_020967	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
56	NC_020967	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472063
57	NC_020967	AG	3	6	2753	2758	50 %	0 %	50 %	0 %	478472064
58	NC_020967	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472064
59	NC_020967	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478472064
60	NC_020967	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
61	NC_020967	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472064
62	NC_020967	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472064
63	NC_020967	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
64	NC_020967	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472064
65	NC_020967	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
66	NC_020967	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472064
67	NC_020967	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
68	NC_020967	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472064
69	NC_020967	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472064
70	NC_020967	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	478472064
71	NC_020967	T	6	6	3428	3433	0 %	100 %	0 %	0 %	478472064
72	NC_020967	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
73	NC_020967	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472064
74	NC_020967	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472064
75	NC_020967	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478472064
76	NC_020967	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
77	NC_020967	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
78	NC_020967	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
79	NC_020967	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472064
80	NC_020967	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478472064
81	NC_020967	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478472064
82	NC_020967	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
83	NC_020967	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
84	NC_020967	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472064
85	NC_020967	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
86	NC_020967	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478472065
87	NC_020967	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472065
88	NC_020967	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
89	NC_020967	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478472065
90	NC_020967	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
91	NC_020967	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478472065
92	NC_020967	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
93	NC_020967	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478472065
94	NC_020967	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
95	NC_020967	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472065
96	NC_020967	A	7	7	4928	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	478472065
97	NC_020967	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
98	NC_020967	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478472065
99	NC_020967	A	7	7	4974	4980	100 %	0 %	0 %	0 %	478472065
100	NC_020967	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
101	NC_020967	AT	3	6	5114	5119	50 %	50 %	0 %	0 %	478472065
102	NC_020967	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478472065
103	NC_020967	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
104	NC_020967	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472065
105	NC_020967	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472065
106	NC_020967	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
107	NC_020967	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
108	NC_020967	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478472065
109	NC_020967	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472065
110	NC_020967	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472065
111	NC_020967	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478472065
112	NC_020967	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472065
113	NC_020967	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472065
114	NC_020967	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472066
115	NC_020967	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472066
116	NC_020967	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472066
117	NC_020967	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	478472066
118	NC_020967	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472066
119	NC_020967	TC	3	6	5862	5867	0 %	50 %	0 %	50 %	478472066
120	NC_020967	GA	3	6	5873	5878	50 %	0 %	50 %	0 %	478472066
121	NC_020967	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472066
122	NC_020967	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
123	NC_020967	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478472066
124	NC_020967	AT	3	6	5977	5982	50 %	50 %	0 %	0 %	478472066
125	NC_020967	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
126	NC_020967	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472066
127	NC_020967	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
128	NC_020967	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472066
129	NC_020967	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
130	NC_020967	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472066
131	NC_020967	TG	3	6	6130	6135	0 %	50 %	50 %	0 %	478472066
132	NC_020967	T	6	6	6208	6213	0 %	100 %	0 %	0 %	478472066
133	NC_020967	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472066
134	NC_020967	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472066
135	NC_020967	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478472066
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